中心内设机构8个，分别是：办公室、财务部、科研部、信息部、技术控制部、养殖实验部、质量保障部、技术推广部。

办公室主要工作职能

承担单位的党务、人事劳资、文书档案、工会、纪检、固定资产实物管理、后勤管理等工作。

财务部主要工作职能

   负责中心日常资金的使用及管理，部门预决算编报、国有资产管理、固定资产管理制度建设、政府采购监督管理、绩效评价和资金监管工作。

科研部主要职能

负责水产科研管理、组织水产科研项目的申报、组织水产科研项目的验收工作。

信息部主要工作职能

长春水产网更新维护，水产品批发市场信息上报，其他临时性工作。

技术控制部主要职能

承担中心技术体系运行，保证检测工作顺利开展。承担全市重点水域、水源地及水生态环境的常规水质、水生动植物的检验检测；承担全市水产品质量安全检验检测工作。

养殖实验部主要职能

承担科技示范、科研课题研究、养殖品种展示、科研教学、水产品的囤积饲养工作。

质量保障部主要职能

承担中心质量体系正常运行，保证实验室工作顺利开展，做好水生态环境的常规水质、水生动植物的检验检测；承担全市水产品质量安全检验检测工作。

技术推广部主要工作职能

    负责水产技术推广、指导服务；负责水产新品种、新技术的研究、引进及试验、示范、推广，按照体系建设的要求，做好水产基地、示范户建设工作，组织技术培训；负责水生动物病害测报、鱼类疫病抽样；地产水产品抽样；承办单位交办的其他事项。