长春市水产品质量安全检测中心由原来的长春市水产研究院更名而来，1972年成立长春市水产研究所，地点在净月潭。2002年长春市水产技术推广站并入长春市水产研究所，更名为长春市水产研究院。2011年，作为加强水产品质量控制的一项措施，将长春市水产研究院更名为长春市水产品质量安全检测中心，保留长春市水产研究院、长春市水产技术推广站牌子，2015年新加挂长春市源水水质检测中心。目前单位四块牌子、一套人马。

负责渔业有关科研项目研究，推广科研成果，开展渔业技术咨询、培训、引进、服务等；负责全市渔业水域生态环境监测和质量评估；负责渔业病害防治和水产品质量监测；负责水生动物防疫检疫；开展全市水产品质量安全检测；负责全市源水水质检测。

中心坐落于长春市净月高新技术产业开发区生态大街777号。综合办公区（主楼）所在地占地面积10000平方米，办公楼面积2800平方米，另有建筑面积400平方米的信息中心和占地面积20000平方米的渔业科研基地（建成室内生产车间700平方米和室外养殖池11000平方米）。

    中心实验室面积1100平方米，包括34个检测室，其中理化检测室21个，生物检测室13个，开展相关检测工作17年，可进行25个水质类项目和30个水产品类项目的检测。配有液相色谱质谱联用仪、液相色谱仪、气相色谱仪、原子吸收光谱仪等检测仪器设备307台套，设备总值700余万元。本中心现已通过实验室资质认定和农产品质量安全检测机构考核，取得证书，有效期到2025年5月。